X-Men First Class wytycza epicki początek sagi X-Men, wyjawiając sekretną historię słynnych wydarzeń. Zanim świat dowiedział się o mutantach i zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przyjęli imiona Profesora X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy poznawali swoje moce. Nie byli największymi wrogami, ale bliskimi przyjaciółmi, pracującymi wspólnie z innymi mutantami (znanymi i nowymi), w celu powstrzymania Armagedonu. W trakcie tej przygody, następuje rozłam pomiędzy nimi, który zapoczątkował wojnę pomiędzy Bractwem Magneto a X-Men Profesora X.